Het bestuur van het NJCM bestaat uit ten minste een voorzitter, een vice-voorzitter (secretaris) en een penningmeester. Andere bestuursleden zijn verantwoordelijk voor een of meer portefeuilles. De bestuursleden zetten zich op vrijwillige basis en onbezoldigd in voor het NJCM.
Het NJCM heeft bovendien een professioneel team bestaande uit een uitvoerend directeur, uitvoerend secretaris, administratief medewerker, een litigation director (tevens advocaat in dienstbetrekking en verantwoordelijk voor het PILP), een advocaat in dienstbetrekking PILP, een jurist voor het PILP, een Head Pro Bono Connect en twee projectcoördinatoren voor Pro Bono Connect. Daarnaast worden de organisatie en de projecten in hun werk ondersteund door stagiairs, rechtenstudenten met een affiniteit voor mensenrechten die graag een bijdrage willen leveren aan het werk in de praktijk.
