Het bestuur van het NJCM bestaat uit ten minste een voorzitter, een vice-voorzitter (secretaris) en een penningmeester. Andere bestuursleden zijn verantwoordelijk voor een of meer portefeuilles. De bestuursleden zetten zich op vrijwillige basis en onbezoldigd in voor het NJCM.
Het NJCM heeft bovendien een professioneel team bestaande uit het bureau met administratief medewerker Toos Verhaar, jurist Tessa Assies en junior jurist Pita Klaassen. Daarnaast binnen het project Pro Bono Connect, interim-directeur PBC Veronika Pišorn en project coördinator PBC Nina Hadeed. Daarnaast worden de organisatie en PBC in hun werk ondersteund door stagiairs, voornamelijk rechtenstudenten met een affiniteit voor mensenrechten die graag een bijdrage willen leveren aan het werk in de praktijk.
