Het bestuur van het NJCM bestaat uit ten minste een voorzitter, een vice-voorzitter (secretaris) en een penningmeester. Andere bestuursleden zijn verantwoordelijk voor één of meer portefeuilles. De bestuursleden zetten zich op vrijwillige basis en onbezoldigd in voor het NJCM.
Het NJCM heeft een professioneel team in dienst dat samenwerkt als het bureau, met administratief medewerker Ingrid Hogervorst en coördinator Tessa Assies. Daarnaast werken Lune Moorees de Rijck en Yulan Duit voor het project Pro Bono Connect. Ook worden de organisatie en PBC in hun werk regelmatig ondersteund door stagiairs en/of werkstudenten, voornamelijk rechtenstudenten met een affiniteit voor mensenrechten die graag een bijdrage willen leveren aan het werk in de praktijk.
