Het bestuur van het NJCM bestaat uit ten minste een voorzitter, een vice-voorzitter (secretaris) en een penningmeester. Andere bestuursleden zijn verantwoordelijk voor een of meer portefeuilles. De bestuursleden zetten zich op vrijwillige basis en onbezoldigd in voor het NJCM.
Het NJCM heeft daarnaast een professioneel team bestaande uit een uitvoerend directeur, een litigation director (tevens advocaat en verantwoordelijk voor het PILP), een projectcoordinator voor Pro Bono Connect, een drietal (interim) projectmedewerkers en een administratief medewerker.
