Het bestuur van het NJCM bestaat uit ten minste een voorzitter, een vice-voorzitter (secretaris) en een penningmeester. Andere bestuursleden zijn verantwoordelijk voor één of meer portefeuilles. De bestuursleden zetten zich op vrijwillige basis en onbezoldigd in voor het NJCM.
Het NJCM heeft een professioneel team in dienst wat samenwerkt als het bureau, met administratief medewerker Toos Verhaar en coördinator Tessa Assies. Daarnaast werken binnen het project Pro Bono Connect interim-directeur PBC Veronika Pišorn en project coördinator PBC Gerjanne Leeuwis. Ook worden de organisatie en PBC in hun werk regelmatig ondersteund door stagiairs en/of werkstudenten, voornamelijk rechtenstudenten met een affiniteit voor mensenrechten die graag een bijdrage willen leveren aan het werk in de praktijk.
