De actieve leden van het NJCM zijn verenigd in werkgroepen, die gevormd zijn rond een bepaald thema of rechtsgebied. Zij houden de ontwikkelingen op hun terrein scherp in de gaten en nemen actie wanneer de situatie erom vraagt. Ze schrijven brieven aan verantwoordelijke ministers of de Tweede Kamer over wetsvoorstellen of beleidsvoornemens die niet voldoen aan mensenrechtenstandaarden. Ze rapporteren aan de Verenigde Naties over de naleving van mensenrechtenverdragen door Nederland. Ze organiseren bijeenkomsten over actuele mensenrechtelijke onderwerpen voor professionals en studenten.